Pada 24 Jun 2003 Noordin Mohd Top menulis surat kepada isterinya Mufiatun dengan nama Abu Hah. Polis Malaysia menyiasat kesahihan surat tersebut dan cuba mengaitkannya gerakan Jemaah Islamiah. Mufiatun telah dipenjara pada Jun 2005 kerana enggan memberi maklumat tentang suaminya. [5]

Pada Januari 2006, polis Indonesia menyatakan Noordin mengetuai pertubuhan haram Tanzim Qaedat al-Jihad atau Pertubuhan Perjuangan Jihad. Pada 29 April 2006, Noordin nyaris tertangkap apabila rumah selamatnya di Binangun, Jawa Tengah diserbu polis Indonesia. Dalam kejadian itu dua suspek pengganas Abdul Hadi dan Jabir terbunuh.[6] Bahan letupan turut ditemui.